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De forma pioneira na Universidade, a Comissão de Direitos Humanos da ECA foi criada em 2016 com o objetivo de combater ações que ferem os direitos humanos no âmbito da comunidade ecana, como a discriminação racial, as violências de gênero, o machismo, a LGBTfobia, a xenofobia, preconceitos e assédios. De 2016 a 2022, a CDH/ECA atuou tanto no acolhimento das vítimas e na apuração de denúncias de violações aos direitos, quanto na promoção de atividades educativas, formativas e informativas sobre os Direitos Humanos.
Em 2022, a Reitoria da USP criou a Pró-reitoria de Inclusão e Pertencimento e, nas Unidades, foram criadas, em caráter permanente, as Comissões de Inclusão e Pertencimento (CIP). No escopo de atuação da CIP-ECA, criada naquele ano, está a escuta de casos sensíveis em relação a violações de direitos humanos no âmbito da comunidade ecana, o que, anteriormente, era atribuição da CDH. Em razão dessa mudança, a CDH foi extinta e, em seu lugar, foi criada a CIP-ECA.
Cabe a CIP traçar diretrizes de inclusão e pertencimento no âmbito da Unidade; fomentar, apoiar e gerir ações na nesta área e prestar acolhimento aos membros da comunidade ecana por meio de escuta, com orientação e encaminhamento para serviços especializados na USP ou externos, caso necessário.